一旦发现蛛网膜囊肿，目前公认好的治疗方法为手术切除肿瘤，而普通的手术、放射治疗、药物治疗仅适用于一部分患者，或者作为手术后的补充治疗方法。放疗和化疗副作用大，杀伤肿瘤细胞的同时也杀死正常细胞，引起病人白细胞降低、免疫力下降，且反复使用导致病人对化疗、放疗不敏感。对于手术治疗，比较理想的手术方式是开颅囊肿切除和开窗术。

　　开颅囊肿切除和开窗术，目前该术式仍是有效的治疗方案，采用显微外科手术将囊壁切除，使囊肿与蛛网膜下腔、脑池或脑室之间相交通，松解囊壁与正常的神经结构或血管之间粘连紧密。术后以症状的改善和脑积水的缓解来判断手术疗效，手术成功的病例可以避免长久性植入分流装置。

　　目前被认同的手术指征有：有症状的蛛网膜囊肿，包括：颅内压增高、梗阻性脑积水、癫痫发作、局灶性神经功能障碍等;合并有囊内或硬膜下血肿的蛛网膜囊肿;影像学显示占位征明显。